La cortezuela termina en la Iglesia de Santa María la Mayor, declarada monumento histórico-artístico en 1974 y que constituye una armoniosa conjunción de expresiones artísticas diferentes. Sus orígenes se remontan a los siglos XIII y XIV, cuando un edificio religioso anterior, según algunos historiadores una mezquita, fue sustituido por un templo gótico de extraordinaria sillería de piedra formado por tres naves sostenidas por pilares octogonales, siendo la central más elevada y separada de las laterales por arcos ojivales, destacándose en estas últimas las bóvedas de crucería. También nos remite al gótico isabelino la portada de la Asunción, al poniente, abocinada, con columnillas y arquivoltas de baquetones, flanqueada por pilastras rematadas por pináculos y sobre la puerta una hornacina con la imagen en piedra de la Virgen.

Durante la segunda mitad del siglo XVI, Linares obtuvo el privilegio de Villazgo, decidiendo los linarenses construir un templo de mayores dimensiones. Las obras fueron encomendadas a Andrés de Vandelvira, dando comienzo en 1573 la construcción de un nuevo crucero renacentista, pero al ser suspendidas las obras por falta de medios económicos, se mantuvo el crucero que, junto a la parte renacentista, ofrece un singular conjunto estilístico.

Hacia el 1664 se construyó la puerta barroca de San Pedro, de Juan de Aranda, en el lado norte, con arco de medio punto, columnas dóricas y entablamento de triglifos y metopas con rosetas; sobre el frontón, partido, emergen dos pares de pináculos y en el centro una hornacina con nicho de medio punto enmarcada por una moldura cruciforme y coronada por un frontón triangular, acogiendo dicha hornacina la imagen de San Pedro. También del siglo XVII es la elegante torre octogonal donde se perciben las ménsulas que soportaban el reloj de la villa.

Durante la guerra civil española el templo sufrió un importante deterioro; como consecuencia de esto la iglesia está desprovista de algunos elementos ornamentales originarios como el retablo de la capilla mayor con cuatro columnas salomónicas y vegetación barroca de flores y frutos. Tras la reconstrucción del templo, una vez finalizada la guerra, Don José de Yanguas Messía hizo la donación del actual retablo plateresco, de marcada influencia italiana, perteneciente a la primera mitad del siglo XVI, que contiene una colección de tablas con escenas del Antiguo y Nuevo Testamento presididas por un altorrelieve de la Virgen de la Asunción, del que es autor su restaurador, el artista granadino Navas Parejo. Cabe destacar también el Sagrario y Manifestador que, imitando al estilo del retablo, fue construido con plata de las minas de Linares.

En su Pila Bautismal fueron bautizadas figuras tan importantes como Fray José de Linares, Fray Pedro Padilla, Pedro Díaz Carrillo de Quesada, el Beato Padre Poveda Castroverde y Manuel Lozano Garrido, entre otros.