Fuera ya del casco antiguo, merece visitarse la Iglesia de San Francisco, que da nombre a la plaza donde se encuentra ubicada. Data del siglo XVI, cuando los Franciscanos se establecieron en Linares. Adosado a la iglesia se hallaba el convento cuyo claustro coincide hoy con el patio central del edificio de Correos y Telégrafos. El templo fue ampliado durante los siglos XVII y XVIII, añadiéndosele la torre campanario en el año 1927.

Su interior es de una sola nave rectangular, construida en el siglo XVII, con capillas laterales y cúpula de medio cañón articulada con falsos arcos y lunetos, estando decorada con pasajes de la vida de San Francisco. Un arco carpanel sostiene el coro. Cuatro capillas con bóvedas ovaladas sobre pechinas le fueron añadidas en la década 1720-1730 y posteriormente otra más. Destaca el bello retablo del barroco andaluz.

La fachada principal, obra de Eufrasio López de Rojas, es de estilo barroco y abre en arco de medio punto con clave ornamentada flanqueado por columnas dóricas que sostienen un frontón partido decorado con triglifos y metopas; sobre éste, una pequeña hornacina con arco de medio punto que acoge una escultura en piedra de San Francisco. Remata el conjunto con vanos arqueados y cruz de forja.

Monumento a la Inmaculada Concepción

Este monumento se encuentra en la misma Plaza de San Francisco y es obra del escultor Francisco Palma Burgos.